Марс, 2170 год — с момента окончания событий Red Faction: Guerrilla, предыдущей игры серии, прошло 50 лет. Тогда силам сопротивления и их союзником удалось отстоять свою свободу и установить на планете мир и спокойствие. Однако длились они недолго.

It all begins with the fact that massive Terraformer, who supported on the planet atmosphere similar to Earths, was destroyed. Live on the surface it is now impossible because of constant tornadoes, storms and other extreme weather events. To survive, the settlers retreated to the underground mine and built a network of inhabited caves.