Сюжет игры вращается вокруг личных истории и трагедий героев серии. Основное внимание сосредоточено на пересказе событий Resident Evil 2 и Resident Evil Code: Veronica, а также есть новая глава.
S.T.A.L.K.E.R.: ВОРОН представляет новый сюжет, где игра становится еще более непредсказуемой, опасной и полной неожиданностей, с новыми ощущениями и новыми сюжетными поворотами.